Pasca Reformasi, posisi PPP dalam pemilu cukup dominan. Ketua Umum PPP kerap menjadi pilihan dalam pencalonan presiden dan wakil presiden. Termasuk Hamzah Haz yang gagal menjadi wapres pada 1999 namun kemudian disandingkan dengan Megawati Soekarnoputri usai Abdurrahman Wahid atau Gusdur lengser dari kursi presiden.

Selain perpisahan PPP dengan sejumlah elemen di dalamnya, partai ini terus mengalami penurunan suara pada pemilu berikutnya. Partai ini juga beberapa kali mengalami masalah internal melalui konflik dualisme kepemimpinan.

Beberapa ketua umum PPP juga terjerat kasus korupsi yang membuat popularitas partai ini semakin tergerus. 

Ketum PPP Suryadharma Ali ditetapkan sebagai tersangka korupsi penyelenggaraan ibadah haji oleh KPK, pada Mei 2014. Ketum PPP Romahurmuziy juga kemudian dijerat kasus korupsi suap jabatan di Kementerian Agama pada Maret 2019.

Capaian Suara PPP Pada Pileg Pasca Reformasi

Pemilu 1999
Suara: 11.329.905 (10,71%)
Kursi DPR: 89

Pemilu 2004
Suara: 9.248.764 (8,15%)
Kursi DPR: 58

Pemilu 2009
Suara: 5.544.332 (5,32%)
Kursi DPR: 58

Pemilu 2014
Suara: 8.157.488 (6,53%)
Kursi DPR: 39

Pemilu 2019
Suara: 6.323.147 (4,52%)
Kursi DPR: 19

Pemilu 2024
Suara: 5.878.777 (3,87%)
Kursi DPR: 0

(red/frg)