Pada 1991, Prabowo kemudian menjabat sebagai kepala staf Brigade Infanteri Lintas Udara 17 (Brigif Para Raider 17/Kujang I), yang bermarkas di Cijantung.
Saat itu, sebagai perwira berpangkat letnan kolonel, dia terlibat dalam operasi penangkapan Xanana Gusmão, salah satu tokoh pemimpin gerilyawan Fretilin di Provinsi Timor Timur.
Dua tahun setelahnya, Prabowo diangkat menjadi komandan Grup 3/Sandhi Yudha, salah satu komando kontra-insurjensi Kopassus. Selain itu, dirinya juga menjabat Komandan Kelompok-3/pusat pelatihan pasukan khusus (1993-1995), dan Wakil Komandan Komando Pasukan Khusus (1994).
Hingga pada 1998, Prabowo diangkat menjadi Panglima Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat. Adapun pengangkatannya terjadi sepuluh hari setelah Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) menetapkan Soeharto untuk periode kelima sebagai presiden.
Sesuai Kepres nomor 62 /ABRI/98 tanggal 22 November 1998, Prabowo kemudian diberhentikan dari militer. Akan tetapi, TNI belakangan mengkonfirmasi prabowo diberhentikan secara hormat dan dengan hak pensiun.
Berikut riwayat tanda jasanya:
- Bintang Kartika Eka Paksi Naraya
- Satya Lencana Kesetiaan XVI Tahun
- Satya Lencana Seroja Ulangan-III
- Satya Lencana Raksaka Dharma
- Satya Lencana Dwija Sistha
- Satya Lencana Wira Karya The First Class The Padin Medal Ops Honor dari Pemerintah Kamboja
- Bintang Yudha Dharma Naraya
(prc/frg)
