Pada tahun 2000, Tom ditunjuk menjadi Kepala Divisi dan Wakil Presiden Senior di Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN). Kala itu, BPPN berada dibawah Kementerian Keuangan dan Bank Indonesia yang bertugas melakukan rekapitalisasi dan restrukturisasi perbankan Indonesia usai krisis moneter 1998.
Setelah itu, Tom berpindah ke Farindo Investments hingga tahun 2005. Tahun 2006, Tom Lembong menjadi salah satu pendiri, Chief Executive Officer, dan Managing Partner di Quvat Management Pte.Ltd, sebuah perusahaan dana ekuitas. Kemudian ia menjadi Presiden Komisaris PT Graha Layar Prima Tbk tahun 2012-2014.
Tom menjadi penasehat ekonomi Gubernur DKI Jakarta tahun 2013 yang saat itu dijabat oleh Joko Widodo. Dirinya juga menjadi penulis pidato Jokowi sejak menjabat sebagai Gubernur DKI Jakarta hingga masa jabatan pertama sebagai Presiden Indonesia.
Sejak Juli 2016-Oktober 2019, Tom menjabat sebagai Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM). Selanjutnya, ia menjabat sebagai penasehat Internasional Institut Kajian Strategis Internasional (IISS) di London dan International Plastic Omnium di Perancis.
Tahun 2021, Tom Lembong ditunjuk oleh Gubernur DKI Jakarta, Anies Baswedan menjadi Komisaris Utama PT Jaya Ancol. Setelah itu, Tom mendirikan Consilience Policy Institute yang beroperasi di Singapura. Institusi ini untuk mewadahi para pemikir kebijakan ekonomi internasionalis dan reformis di Indonesia.
(dov/frg)